Irányító Hatóság: A nemzeti Irányító Hatóság felel a KAP stratégiai terv hatékony, eredményes és szabályszerű végrehajtásáért. Feladataként az (EU) 2021/2115 rendeletnek megfelelően gondoskodik szabályrendszerek kidolgozásáról, a nemzeti KAP-hálózat működtetéséről. Elkészíti a KAP ST értékelési tervét, és gondoskodik az abban foglaltak végrehajtásáról. Közvetlen kapcsolatot tart az Európai Bizottsággal, és a Bizottság éves teljesítményjelentésekhez fűzött észrevételei nyomán meghozza a szükséges intézkedéseket. Rendszeresen tájékoztatja a Monitoring Bizottságot a KAP ST. előrehaladásáról, véleményezésre megküldi a rendeletben meghatározott dokumentumokat.
A nemzeti irányító hatóság gondoskodik arról, hogy az Európai Unió pénzügyi érdekei a KAP stratégiai terv irányítása és végrehajtása során a költségvetési rendeletnek és az (EU) 2021/2116 rendeletnek megfelelően védelemben részesüljenek.
A nemzeti irányító hatóság feladatai egy részét átruházhatja, megtartva az irányítás hatékonyságáért való felelősséget, biztosítva a KAP stratégiai terv koherenciáját és következetességét.
Az Európai Parlament és a Tanács (EU) 2012/2116 rendelete alapján a tagállamoknak gondoskodniuk kell a szükséges irányítási rendszerek meglétéről, így gondoskodni kell az irányítási szervek, azaz az illetékes hatóság, a kifizető ügynökség és a tanúsító szerv kijelöléséről.
Illetékes Hatóság: A miniszteri szintű illetékes hatóság felelős a nemzeti kifizető ügynökség akkreditációjáért, annak felülvizsgálatáért és esetleges visszavonásáért, illetve felelős egy tanúsító szerv kijelöléséért, a kijelölésének esetleges visszavonásáért.
Magyar Államkincstár mint Nemzeti Kifizető Ügynökség: A nemzeti kifizető ügynökség felel „a közös agrárpolitika finanszírozásáról, irányításáról és monitoringjáról, valamint az 1306/2013/EU rendelet hatályon kívül helyezéséről szóló az Európai Parlament és Tanács (EU) 2021/2116 rendelete” alapján az EMGA és EMVA kiadásokkal való gazdálkodásért és azok kontrolljáért.
A nemzeti kifizető ügynökség feladatait, felelősségének fenntartása mellett jogszabályban és megállapodásban rögzítettek szerint együttműködő szervezetnek átruházhatja.
Megyei Kormányhivatalok Agrártámogatási Főosztályai: Feladatuk az Irányító Hatóság feladatkörébe tartozó, a Magyar Államkincstárra átruházott közbenső szervezeti feladatok ellátásában való hatékony közreműködés.
Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal (NÉBIH): A NÉBIH elvégzi a szakágazati területek feladatait meghatározó jogszabályok által hatáskörébe utalt, különösen hatósági, szakhatósági, felügyeleti, engedélyezési, ellenőrzési, nyilvántartási, illetve szakmai igazgatási feladatokat, valamint ellát egyéb (megállapodásban, utasításban megállapított) szakmai feladatokat. Működteti többek között a KAP szempontjából is fontos elektronikus gazdálkodási naplót (eGN), vezeti az Öko tanúsító szervezetek nyilvántartását, illetve az ENAR - Egységes Nyilvántartási és Azonosítási Rendszert.
Nemzeti Agrárgazdasági Kamara (NAK): A NAK feladata a hazai agrár- és élelmiszerszektor erősítése, érdekeinek érvényesítése, a magyar élelmiszerek versenyképességének támogatása, továbbá a szaktanácsadás, ezen kívül gyors, pontos és megbízható információk eljuttatása a gazdálkodókhoz.
A NAK működteti a falugazdász hálózatot. Az agrártámogatások igénybevételével összefüggő elektronikus ügyintézés során technikai közreműködőként a kedvezményezett képviseletében eljárhat a jogszabályban meghatározott feltételekkel létrejött, képviseleti jogot létesítő jognyilatkozat alapján.
A NAK a nemzeti KAP-hálózat szereplőjeként a Zöld Támogató Egységet működteti.
Agrárközgazdasági Intézet Nonprofit Kft. (AKI): Az AKI egyik legfontosabb feladata a magyar agrár- és vidékpolitika döntéshozói számára javaslatok kidolgozása, a javaslatok korszerű módszerekre támaszkodó kutatásokkal történő megalapozása, különös tekintettel az Európai Unió Közös Agrárpolitikájának magyarországi alkalmazására és végrehajtására. Az AKI a hazai agrárdigitalizáció zászlóshajójaként az agrárágazat szempontjából olyan meghatározó uniós és nemzeti információs rendszereket üzemeltet és fejleszt, mint a Tesztüzemi Információs Hálózat, a Piaci Árinformációs Rendszer és az Agrárstatisztikai Információs Rendszer. Kiterjedt adatgyűjtési, adatfeldolgozási és információszervezési munkáival, valamint szakpolitikai elemző és döntéstámogató tevékenységeivel segítik a magyar agrárium és vidék sikerét.
Az AKI a nemzeti KAP-hálózat szereplőjeként az Innovációs és Digitalizációs Támogató Egységet (InDiTE) működteti.
Herman Ottó Intézet (HOI): Kiemelt szerepe van a LEADER program végrehajtásában, az agrárium generációs megújulását segítő tevékenységekben, az okos falu programban és az együttműködő vidéki közösségek számára történő szakmai segítségnyújtásban.
A KAP-hálózat Vidék- és Térségfejlesztési Támogató Egységének (VTTE) feladatait látja el, melynek keretében területi és ágazati alapon szervezett hálózaton keresztül végez tájékoztatást, igényfelmérést, adatgyűjtést, és segíti, tanácsadással támogatja a projektek megvalósítását.
Agrármarketing Centrum: Az Agrármarketing Centrum aktív szerepet tölt be a magyar agrárium és élelmiszergazdaság versenyképességének és üzleti eredményeinek javításában, beleértve az agrár- és élelmiszeripari kkv-szektort is. Céljuk, hogy közreműködésükkel a magyar agrárium nemzetközi szinten versenyképesebb, a korszerű marketing eszközöket és módszereket hatékonyabban és eredményesebben alkalmazó ágazat legyen. Segítik a tudatos fogyasztói magatartást, az egészséges táplálkozás elterjesztését, a környezettudatos termékválasztást, a hazai élelmiszertermékek preferenciáját, valamint erősítik a hagyományos és kézműves termékek ismertségét és kedveltségét. Az Agrármarketing Centrum törekszik a minél sokrétűbb partneri együttműködésekre.